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課程名稱 |
計算生物學導論
INTRODUCTION TO COMPUTATIONAL BIOLOGY |
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開課學期 |
96-1 |
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授課對象 |
生物資源暨農學院 農藝學系 |
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授課教師 |
蕭金福 |
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課號 |
Agron5061 |
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課程識別碼 |
621 U6510 |
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班次 |
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學分 |
3 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
選修 |
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上課時間 |
星期一6,7,8(13:20~16:20) |
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上課地點 |
農藝110 |
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備註 |
先修課程：初等統計學與遺傳學
限學士班三年級以上
總人數上限：30人 |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
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課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
1. 序列組合
2. 快速序列分析
3. 兩序列動態規劃
4. 多序列分析
5. 序列分析統計模式
6. 序列型態統計模式
7. 基因與染色體圖譜定位
8. 基因序列組合與基因註解
9. RNA 二級結構分析
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課程目標 |
近年來,基因與資訊科技突破性的發展，已經改變了近代生物學的面貌。本課程主要介紹用來解決生物學應用上具計算複雜度問題的一些基本計算方法。首先我們將專注於序列分析演算法(sequence alignment algorithms)包括動態規劃(dynamic programming)、字尾樹(suffix trees)、兩個序列以及多重序列的快速比對等。一般而言，如果要將人體細胞中整個長度三十億的DNA序列一次讀出，分子生物學家所使用的方式，主要是先將這序列分成一些較小的片段，然後再逐一兜成原來之整個序列。序列分析演算法的目的，在於將所得到一些序列片段，希望能藉由序列間之比較，進而分析序列間彼此的相似程度、找出一些基因規則、或甚而用來推測它們的演化關係。除此之外，本課程亦涵蓋一些計算方法如基因與染色體圖譜定位(genetic and physical mapping)、基因序列組合與基因註解(genome assembly and gene annotation)、RNA 二級結構分析(RNA secondary structure)等。這些演算方法可以協助如何在DNA序列中決定基因所在位置。本課程設計採理論與實際資料分析並行，旨在增進學生解決生物學相關問題之方法，或藉數學與物理模型，將生物系統特性簡化，或藉實作新的資料分析演算法，使學生能了解計算生物學應用之意義，提供學生未來進行生物科技研發時的計算與統整生物相關資料的系統功能之能力。並藉由計算生物學的研究，將能提供更有效的生物資訊，從而協助生物科技的發展。 |
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課程要求 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
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參考書目 |
(一) 作業及平時成績： 30%
(二) 期中考成績 ： 30%
(三) 期末考成績 ： 40%
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評量方式
(僅供參考) |
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